مشهورترین تألیف دکتر مرتضوی که اغلب ایشان را با این اثر می‌شناسند، کتاب «مکتب حافظ» یا مقدمه بر حافظ‌شناسی است. استاد بهاءالدین خرمشاهی درباره این کتاب نوشته است: «مکتب حافظ یکی از بهترین رهیافت‌ها به شعر حافظ و رمزگشایی از مفاهیم کلیدی و نمادهای اساسی هنر اوست. استاد مرتضوی صاحب تقدم فضل و فضل تقدم در طرح اساسی‌ترین مباحث حافظ‌پژوهی ـ از جمله عشق و رندی و ملامتی‌گری ـ است. مکتب حافظ طبق عنوان فرعی و فروتنانه‌اش «مقدمه بر حافظ‌شناسی» نام دارد؛ ولی در واقع مفتاح حافظ‌شناسی و از مراجع عمده و کلاسیک نوین در حافظ‌پژوهی است. در عالم حافظ‌پژوهی سه اثر قدیمی است که ارزش ماندگار و خدشه‌ناپذیری دارد: تاریخ عصر حاضر اثر شادروان غنی، حافظ شیرین‌سخن اثر شادروان معین و مکتب حافظ و هرگز هیچ حافظ‌پژوهی از آنها بی‌نیاز نیست.»
استاد مرتضوی در فصل‌الخطاب این کتاب آورده است: «جامعه ادبی و فرهنگی ایران، حافظ را از همان روزگار که دیوان و شعر او شناخته شده، هم شاعر و هم عارف شناخته و عوام و خواص با رسمی شناختن لقب «لسان‌الغیب»، او را یکی از اسراردانان و آگاهان از عوالم غیبی تلقی کرده‌اند. همه بحث‌ها در چاپ‌های پنجگانه کتاب مکتب حافظ از نظر پایه و اساس و محور برای اثبات و شناساندن ماهیت این سخنور بزرگ و شعر او بوده و نتیجه‌ای که گرفته‌ایم و در صحت آن شکی نداریم، این است که: اولاً حافظ غزل‌پردازی در ردیف دیگر غزلسرایان نبوده است. ثانیاً حافظ، عارفی در ردیف بزرگانی چون مولانا نیز محسوب نمی‌شود، بلکه شاعری غزلسرا است که بهره عظیمی از مفاهیم اساسی عرفان و طریقت داشته است. ثالثاً اگر بخواهیم او را با یک عنوان معرفی بکنیم، باید بپذیریم چنانکه خود به تصریحی مطلق بارها تأکید کرده، «رند» و مشرب شاعرانه‌اش نیز «رندی» بوده است.