کتاب در سایه پادشاه به تفصیل به تحلیل زندگانی و کارهای شاهزاده مسعود میرزا ظل السلطان و شیخ محمدتقی مجتهد اصفهانی (آقا نجفی) می پردازد.
فصل اول ظل السلطان و بحث کارون و حق کشتی رانی در آن و جدالهای ناشی از آن است.
فصل دوم در باره افول قدرت او از پس از سال ۱۲۹۵ ق است.
فصل سوم فعالیت های آقا نجفی و دیگر روحانیون با بابیه در اصفهان و مواضع ظل السلطان و دولت قاجاری در این باره است.
فصل چهارم داستان شورش علیه امتیاز تنباکو در این شهر مهم است.
فصل پنجم مقاومت ضد بریتانیایی و دیگر مبارزات تجاری علیه خارجی هاست.
فصل ششم و هفتم در باره فعالیت مسیونرهای مسیحی در اصفهان، مبارزه علما با آنها،و تلاش آنها برای مسیحی کردن یهودیان و دیگر اقلیت هاست.
فصل هشتم ادامه ماجراهای اصفهان بعد از تاسیس کنسولگری روسیه و بازهم درگیری با بابیه در ۱۳۲۱ ق است.
فصل نهم برآمدن مشروطه و تلاش ظل السلطان برای تصاحب سلطنت و سرانجام سقوط اوست.
این کتاب تاریخ سیاسی، مذهبی، اقتصادی و اجتماعی شهر اصفهان در این دوره است. در آن از نقش آقا نجفی و برادرش حاج آقا نور الله و دیگر رهبران روحانی شهر به تفصیل یاد شده است. جنگ پنهان میان دولت و روحانیون در بخش عمده ای از این سالها در این شهر جریان دارد و نمونه از تاریخ پنهانی ایران دوره قاجاری بویژه در نیمه دوم آن است.